Nazwa kryptografia również wywodzi się z języka greckiego (od wyrazów kryptos - ukryty i graphein - pisać). Jej celem jest utajnienie znaczenia wiadomości, a nie samego faktu jej istnienia. Podobnie, jak w przypadku steganografii, data jej powstania jest trudna do określenia. Najstarsze znane przykłady przekształcenia pisma w formę trudniejszą do odczytania pochodzą ze starożytnego Egiptu, z okresu około 1900 roku p.n.e. Pierwsze tego typu zapisy nie służyły jednak ukrywaniu treści przed osobami postronnymi, a jedynie nadaniu napisom formy bardziej ozdobnej lub zagadkowej. Skrybowie zapisujący na ścianach grobowców historie swych zmarłych panów świadomie zmieniali niektóre hieroglify, nadając napisom bardziej wzniosłą formę. Często świadomie zacierali ich sens, zachęcając czytającego do rozwiązania zagadki. Ten element tajemnicy był ważny z punktu widzenia religii. Skłaniał on ludzi do odczytywania epitafium i tym samym do przekazania błogosławieństwa zmarłemu. Nie była to kryptografia w ścisłym tego słowa znaczeniu, zawierała jednak dwa podstawowe dla tej nauki elementy - przekształcenie tekstu oraz tajemnicę.Na przestrzeni kolejnych 3000 lat rozwój kryptografii był powolny i dosyć nierówny. Powstawała ona niezależnie w wielu kręgach kulturowych, przybierając różne formy i stopnie zaawansowania. Zapiski na temat stosowania szyfrów znaleziono na pochodzących z Mezopotamii tabliczkach z pismem klinowym. Ich powstanie datuje się na 1500 rok p.n.e. W II w. p.n.e. grecki historyk Polibiusz opracował system szyfrowania oparty na tablicy przyporządkowującej każdej literze parę cyfr (rysunek 1.3).